马来西亚在殖民时期的中央与州政府关系主要受英国殖民政府的影响，并摆脱不了一定的主从关系。这段时期的管理体制也是就奠定了建国后马来西亚联邦体制的基础。

英国在马来亚实行直接和间接统治两种方式。在槟城、马六甲和新加坡（海峡殖民地），实行的是直接统治，由英国政府直接派遣官员进行管理。而在马来半岛其他州属，英国则采用间接统治的方式，通过当地的马来苏丹/拉惹和酋长进行管理，但实际上这些苏丹/拉惹和酋长只是名义上的统治者，实际权力还是牢控于英国顾问手中。

1896年，英殖民政府将霹雳、雪兰莪、森美兰和彭亨四个州属组成马来联邦，这标志着联邦体制的初步形成。联邦的总督由英国派遣，负责统筹各州的行政事务。这一制度为后来马来西亚独立后的联邦体制奠定了基础。

在殖民时期，中央政府拥有绝对的控制权。虽然州属在名义上保有一定的自治权，但实际上，中央政府通过各种手段，如财政控制、政策制定、与人事安排等，牢牢掌控各州的运作。各州的苏丹/拉惹和地方首领在中央政府面前基本上已被剥夺了实权。

英殖民政府通过财政手段控制各州的发展。各州的收入主要来自农业、矿业和贸易，而这些收入的分配和使用都受到中央政府的严格控制。此外，中央政府还通过制定各类政策，如税收政策、土地政策等，以确保对各州的绝对控制。半岛的首条火车道会建立在西海岸，一开始就正因为是要方便中央向霹雳州运载锡米至巴生港口作出口用途。

在独立前，英殖民政府先在海陕殖民地领先成立了州立法义会，并委任了知名人士如林清渊律师、林苍祐医生，和奥利沃菲比如士律师等为州议员，以尝试让本土精英分子展开自治。对于马来州属，英殖民政府也很机警地从来不去干涉马来人宗教与其习俗，并全权交由州统治者去处理，这也奠定了今后伊斯兰教的领袖为各州统治者担任，而各州的伊斯兰教法律与事务归各州政府管辖的基础。

据知当日军入侵时也曾企图废除马来亚的苏丹制三天，过后又收回此计划。英殖民政府也曾尝试落实一个没有州属和苏丹制的统一国家即马来亚联盟计划，但是它也在1945年因面对强大的反对力量之下以失败告终。独立后的议会民主加上了君主立宪制的原由，也因此有籍可考。

1967年马来西亚的成立基本上改变不了中央集权的政体，不过马来西亚合约和相关文件显示，联邦并不可以把沙巴与砂拉越当成两个州属，而是与西马同等地位的两个东马区域看待。这个合法地位也因为政治的因素一直拖延至最近才获得正名，并有待进一步的发展。历史上也曾出现过，中央政府通过对砂拉越与吉兰丹宣布紧急状态以动摇它们的州政权的先例，没有人能保证这种手段在将来会否故技重施。

殖民时期的中央与州政府关系虽然存在诸多问题，但也为现代马来西亚的联邦体制积累了宝贵的经验。尽管中央政府在独立后继续保持对各州的控制，但各州也逐渐在自治权方面有所争取，形成了今天较为复杂的中央与州政府关系。联邦制度的操作，往往还是摆脱不了政党政治色彩的。

综上所述，马来西亚在殖民时期的中央与州政府关系为现代联邦体制的形成提供了重要的历史背景。英殖民政府的统治方式和政策在很大的程度上留下了权力集中于中央的烙印，权力下放的机会很小，因此它和美国的联邦制沾不上边，因为后者的联邦制赋予其州政府很大的自治权，辟如连警方也不能随意过界操作。